千芝堂开设于明代末年,据出版于清乾隆十年(1744年)的老店经营目录记述,当时经营成药十五个门类、六二四种,并有饮片加工、炮制及批发业务。
光绪七年,吴霭亭将千芝堂盘了过来。吴曾供职太医院,所以一部分产品销往御药房,一部分销往市内大小药房,同时还销往华北、东北及京包铁路沿线。吴霭亭请王子丰担任掌柜,王子丰精明能干,买卖做得很有起色。1900年庚子事变时,王子丰低价收购有钱人手里的贵重药材,战乱后物价回稳,千芝堂赚了大钱。后来王子丰与吴霭亭产生矛盾,王子丰出走,筹资在崇文门外开办庆仁堂参茸庄。
千芝堂自王子丰走后,请吴受臣打理,吴受臣也很善于经营,1915年在珠市口南开办了南山堂药铺,后在阜成门大街开办琪卉堂药铺。
千芝堂主要品种有活络丹、舒络丹、三黄宝蜡丸、虎骨酒、虎骨膏等。特色品种京制法半夏,通过安国药市行销全国。
清末民国以来,千芝堂经营范围除门市外还设有后柜批发和蒙藏药品专柜,并培养蒙藏语人员以便接待顾客。由于千芝堂的中药成本低、价格廉、疗效好,很受患者欢迎。随后吴振声相继开设一些分号,使千芝堂逐步发展成为二十余家的联营店堂。
解放后,由于国家对千芝堂老字号的重视和扶持,使千芝堂药店生意日见红火,特别是保持了饮片为主的经营特色。在计划经济时期,药品和其它商品一样,经常发生短缺某一种成药(或饮片)的情况,而千芝堂以饮片齐全闻名北京城,抓草药到千芝堂已成为北京人的共识。
八十年代千芝堂药店成为市药材公司供应中央1和使馆外宾特供商品的专供点。经营范围和品种都有所增加,逐步发展成为拥有中成药、中药饮片、来料加工等服务项目的大药店。到1990年,千芝堂经营品种达到两千多种。
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